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最传统的灭活疫苗方案，使用弱化或灭活的病毒来激发免疫系统反应。研发的工艺路线比较成熟，但是在生产上需要培养大量病毒，对实验室防护等级要求较高。
蛋白质疫苗是用病毒蛋白片段激发人体免疫反应，优点是安全性好，副作用小，稳定性佳，但制备工艺复杂，技术难度较大，且往往免疫原性较弱，需要添加佐剂提高免疫原性。
重组载体疫苗是用经过改造后无害的腺病毒作为载体，装入新冠病毒的S蛋白基因，制成腺病毒载体疫苗。S蛋白是新冠病毒入侵人体细胞的关键“钥匙”，无害的腺病毒戴上S蛋白的“帽子”，让人体产生免疫记忆，刺激人体产生抗体。中国军科院和康希诺生物联合研制的疫苗即属此类。
腺病毒载体疫苗是一种较为成熟的疫苗技术路线。安全、高效、引发的不良反应少。不过这类疫苗最大的问题是如何克服“预存免疫”问题：该疫苗大多以5型腺病毒作载体，但绝大多数人成长过程中曾感染过5型腺病毒，体内可能存在能中和腺病毒载体的抗体，从而可能攻击载体、降低疫苗效果。也就是说，疫苗的安全性高，但有效性可能不足。
核酸疫苗（包括mRNA 疫苗和 DNA 疫苗）是将编码的S蛋白基因，mRNA或者DNA直接注入人体，在人体内合成S蛋白，刺激人体产生抗体。也就是相当于把一份记录详细的病毒档案交给人体的免疫系统。美国莫德纳公司的mRNA疫苗就属于此类。
核酸疫苗的最大优点是研制时不需要合成蛋白质或病毒，流程简单，研发速度快。最大的问题是由于技术太新，以至于目前全球尚无成功获批的先例，多数国家也无法大规模生产，因价格较贵而难以普及到低收入国家。
此外，还有一些科学家在寻求“老疫苗新用”的可能性。其中的代表例子是用于预防结核病和小儿麻痹症的两种已被广泛使用的疫苗，美国和澳大利亚的科学家正在试验它们是否能够对新冠病毒提供预防性的保护。
“不同路线的疫苗具有不同技术和研发特点。各个国家和企业选择不同的路线主要是根据各自的技术优势和过往研发经验决定的。”香港大学病毒学专家、医学教授金冬雁对澎湃新闻说。
据澎湃新闻梳理，在目前已公开的疫苗研制计划中，选择蛋白疫苗、重组病毒载体疫苗和核酸疫苗（特别是 mRNA 疫苗）的团队较多，而采用灭活疫苗路线的则相对较少。
金冬雁认为，这主要是因为灭活疫苗研发相对较慢，而重组疫苗、核酸疫苗研发相对较快；另一方面，灭活疫苗的研发对生产场地安全防护等级有较高要求。但传统疫苗量产相对容易，而新型疫苗的规模化生产则存在考验。
伦敦帝国理工学院（Imperial College London）免疫学教授丹尼•阿尔特曼（Danny Altmann）认为，有更多关于不同疫苗技术的详细讨论非常有必要。
“这不是一场比谁先到终点的简单比赛。所有疫苗在许多不同的参数上表现不同，包括抗体反应、细胞（此处指T细胞，淋巴细胞的一种，在免疫反应中扮演着重要的角色）反应、细胞因子反应的性质、反应的持久性、所需增强的数量、是否需要佐剂、安全性、规模化生产、储存和供应链的难易度等。我们需要仔细比较这些因素，否则可能会做出一些错误的选择。”他对澎湃新闻说。
阿尔特曼进一步解释，许多在一二期试验中表现良好的疫苗，在进入到更大规模的三期试验后，才会有机会检验出是否存在潜在的安全性问题。
他举了一个例子来说明免疫学家和疫苗专家都非常关注的一个问题：抗体依赖增强（ADE）效应（编注：可使原有的感染加重，引起严重疾病）。2017年，一款名为“Dengvaxia”的登革热疫苗在菲律宾80多万名学童中进行大规模接种，其中一些儿童被报告得了重病，甚至死亡。
阿尔特曼指出，这是一种罕见的现象，但并非是毫无根据的担忧。这场悲剧的中心是一个未解的科学谜题：在一小部分人身上，疫苗没有提高免疫力，反而加剧了感染。